Für den Entwurf sicherer Software gibt es noch keine allgemein etablierten Methoden. Es gibt aber einige Prinzipien, die hier in Form von 20 Regeln zur Entwicklung sicherer Software vorgestellt werden; fast alle diese Regeln beziehen sich auf die Entwurfsphase im Software-Entwicklungsprozess.
Etwas konkreter als die allgemeinen Regeln ist das Konzept der "Security Design Patterns" (oder meist kürzer "Security Patterns"). Das sind vorgefertigte Einzel-Bausteine, die zum Entwurf eines Softwaresystems verwendet werden können, und die jeweils ein typisches Sicherheitsproblem auf Entwurfsebene lösen. Weiterführende Literatur zu Security Patterns findet sich in der Literaturliste zur Entwicklung sicherer Software.
Um Sicherheitskonzepte in einheitlicher Form auf Entwurfsebene darstellen zu können, gibt es verschiedene Vorschläge, die Unified Modeling Language zu erweitern. Hier sind besonders UMLsec und secureUML zu nennen (auch hierzu findet sich mehr in der Literaturliste zur Entwicklung sicherer Software).